Комплекс занимает площадь 700 тысяч квадратных метров, окружен стеной длиной 1400 метров. Четыре двора, каждый со своими воротами, образуют сложную систему:
- Двор янычар (Алай Мейданы) — вход через Ворота повелителя. Здесь проводились церемонии, праздники, пятничные молитвы. На территории двора расположены монетный двор, дворцовые пекарни, древняя церковь Святой Ирины — жемчужина византийской архитектуры.
- Площадь Дивана или Справедливости — доступ через Ворота приветствия. Здесь заседал Диван (государственный совет), возвышалась Башня Правосудия, откуда султан наблюдал за заседаниями, а также находились казначейство, постройки для прислуг, кухни, конюшни, хаммам, вход в гарем.
- Двор Эндерун (внутренний) — вход через Ворота счастья. В этом секторе располагались личные покои султана, тронный зал, сокровищница, библиотека Ахмеда III с изысканной оттоманской архитектурой, школа, мечеть.
- Султанский сад — место уединения правителей. Здесь находятся павильоны Реван, Софа и Багдад, мечеть Софа, беседки, террасы, откуда открывается панорама Мраморного моря, Босфора и Принцевых островов.